Налогоплательщики, применяющие УСН, учитывают доходы аналогично плательщикам налога на прибыль организаций. Согласно п. 1 ст. 346.15 НК РФ это:

- доходы от реализации, определяемые в соответствии со ст. 249 НК РФ;

- внереализационные доходы, определяемые в соответствии со ст. 250 НК РФ.

В соответствии с п. 3 ст. 250 НК РФ внереализационными доходами налогоплательщика признаются доходы в виде признанных должником или подлежащих уплате должником на основании решения суда, вступившего в законную силу, штрафов, пеней и (или) иных санкций за нарушение договорных обязательств, а также сумм возмещения убытков или ущерба.

Таким образом, оплаченная сумма украденного товара относится к доходам организации.

Согласно ст. 182 НК РФ объектом обложения акцизами признаются операции по реализации (передаче) лицами произведенных ими подакцизных товаров. Таким образом, плательщиками акцизов признаются производители подакцизных товаров. Таким образом, организация “А” не является плательщиком акцизов.

В соответствии с п. 3 ст. 55 ГК РФ подразделение, считающееся филиалом, не является юридическим лицом. Филиал не обладает самостоятельным правовым статусом.

Руководитель филиала может заключать сделки, если это закреплено в учредительных документах юридического лица и доверенности, выданной руководителю филиала.

Если товары (работы, услуги) реализуются в адрес обособленных подразделений организации, строки с реквизитами покупателя (4 - 6б) заполняются следующим образом:

- в строке 4 указываются наименование и почтовый адрес грузополучателя. При выполнении работ, оказании услуг в строке ставится прочерк;

- в строках 6 и 6а - наименование и адрес организации в соответствии с учредительными документами;

- в строке 6б - ИНН организации и КПП по месту нахождения структурного подразделения.

Наименование грузополучателя в счетах-фактурах указывается в соответствии с условиями договора поставки товара (Письма УФНС по г. Москве от 24.03.2009 N 16-15/028080, от 20.03.2008 N 19-11/026593, от 24.04.2007 N 19-11/37426). Если по условиям договора получателем груза является обособленное подразделение, в строке 4 указываются его наименование и почтовый адрес.

Посредники, которые реализуют товары (работы, услуги) от имени заказчика, не должны выставлять счета-фактуры покупателям товаров (работ, услуг), имущественных прав. (Письмо МФ РФ от 10.03.2009 N 03-07-09/06).

Согласно Письму  ФНС РФ  от 4 февраля 2010 г. N ШС-22-3/85@  принципалы, реализующие товары (работы, услуги, имущественные права) по договору поручения (агентскому договору), предусматривающему продажу товаров (работ, услуг, имущественных прав) от имени принципала, выставляют покупателям соответствующие счета-фактуры в общеустановленном порядке, как при получении сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг, передачи имущественных прав), так и при реализации указанных товаров (работ, услуг), имущественных прав.

Таким образом, счёт-фактуру должен выставлять принципал.

Федеральным законом от 26.11.2008 N 224-ФЗ внесено дополнение в абз. 3 п. 1 ст. 54 НК РФ, согласно которому с 1 января 2010 г. налогоплательщик вправе провести перерасчет налоговой базы и суммы налога за налоговый (отчетный) период, в котором выявлены ошибки (искажения), относящиеся к прошлым налоговым (отчетным) периодам, также и в тех случаях, когда допущенные ошибки (искажения) привели к излишней уплате налога.

Таким образом, организация вправе подать уточнённую декларацию по прибыли, но в данном случае на основании подпункта 2 п. 10 ст. 89 НК РФ налоговый орган вправе назначить повторную выездную проверку за уже проверенный период

Физическое лицо, имеющее статус индивидуального предпринимателя, одновременно являющееся лицом, исполняющим функции единоличного исполнительного органа в организации, может не рассматриваться в качестве представителя данного юридического лица по спорной сделке и п. 3 ст. 182 ГК РФ в данном случае применению не подлежит.  

В соответствии с п. 8 ст. 250 НК РФ безвозмездно полученное имущество (работы, услуги) или имущественные права признаются внереализационными доходами.

При этом налогооблагаемый доход у ООО будет возникать ежемесячно в течение срока использования имущества. Размер этого дохода следует определять исходя из рыночной цены аренды аналогичного помещения и оборудования.

Если опоздание  подачи декларации составит три года, то будет отказано в возмещение НДС.

Согласно пункту 2 статьи 173 НК РФ превышение сумм налоговых вычетов над суммами НДС подлежит возмещению налогоплательщику в порядке, предусмотренном в статье 176 НК РФ, за исключением случаев, когда налоговая декларация подана налогоплательщиком по истечении трех лет после окончания соответствующего налогового периода.

В соответствии с п. п. 7, 8 ПБУ 6/01 основные средства принимаются к бухгалтерскому учету по первоначальной стоимости, которая при приобретении за плату определяется как сумма фактических затрат организации на приобретение, за исключением налога на добавленную стоимость и иных возмещаемых налогов (кроме случаев, предусмотренных законодательством РФ). К фактическим затратам на приобретение основных средств относятся, в частности, суммы, уплачиваемые в соответствии с договором поставщику (продавцу), невозмещаемые налоги, уплачиваемые в связи с приобретением объекта основных средств. Поскольку в рассматриваемом случае работы по строительству дороги приобретаются некоммерческим партнерством для осуществления своей некоммерческой уставной деятельности, то в соответствии с п. 8 ПБУ 6/01 сумма НДС, предъявленная при приобретении основных средств, учитывается в стоимости таких основных средств.  

Сформированная первоначальная стоимость объектов ОС, принятых в эксплуатацию и оформленных в установленном порядке, списывается со счета 08 в дебет счета 01 "Основные средства".

При приобретении некоммерческими организациями объектов ОС использование целевого финансирования отражается в бухгалтерском учете записью по дебету счета 86 "Целевое финансирование" в корреспонденции с кредитом счета 83 "Добавочный капитал".

В соответствии с п. 1 ст. 346.17 НК РФ при применении упрощенной системы налогообложения доходы учитываются также на дату иного погашения задолженности. Одним из способов погашения обязательств является зачет встречных требований. Согласно ст.410 ГК РФ обязательство прекращается полностью или частично зачетом встречного однородного требования, срок которого наступил либо срок которого не указан или определен моментом востребования.

В этом случае доходы необходимо отразить на дату подписания этого соглашения, и реквизиты именно этого документа следует записать в графе 2 Книги учета.

В главе 26.2 "Упрощенная система налогообложения" НК РФ нет условия признания расходов в виде арендных платежей, как обязательная регистрация договора аренды.

При этом в соответствии со ст. 609 ГК РФ договор аренды недвижимого имущества, заключенный на срок более одного года, подлежит государственной регистрации. Такой договор считается заключенным с момента его государственной регистрации. Если требование законодательства о регистрации договора аренды не выполнено, то такая сделка может быть признана судом недействительной и считается ничтожной (п. 1 ст. 165 ГК РФ).

Таким образом, ваша Организация вправе учесть арендные платежи, внесенные за период с момента получения имущества в аренду и до начала регистрации договора аренды, при соблюдении условия, предусмотренного п. 2 ст. 425 ГК РФ. В договоре аренды должно быть указано, что правоотношения возникают с момента передачи имущества арендатору.

В этом случае, после государственной регистрации договора арендатор вправе учесть арендные платежи, внесенные за период с момента получения арендуемого имущества и до регистрации договора.