При использовании работником личного транспорта в интересах компании возможны 2 варианта:

- заключение дополнительного соглашения к трудовому договору с работником, предусматривающего выплату компенсации за использование личного транспорта, а также возмещение эксплуатационных расходов;

- подписание с сотрудником договора аренды его транспортного средства.

При выплате компенсации расходы при расчёте налога на прибыль учитываются в пределах установленных норма, НДФЛ и страховые взносы не начисляются.

В случае заключения договора аренды транспортного средства без экипажа расходы по эксплуатации и содержанию автомобиля учитываются при расчёте налога на прибыль, с арендной платы удерживается НДФЛ по ставке 13%, страховые взносы не начисляются.

В случае заключения договора аренды транспортного средства с экипажем при расчёте налога на прибыль учитываются расходы на коммерческую эксплуатацию автомобиля, с арендной платы и вознаграждения за управление автомобилем удерживается НДФЛ по ставке 13%, страховые взносы начисляются на вознаграждение за управление.

При списании ГСМ следует руководствоваться Распоряжением Минтранса России от 14.03.2008 N АМ-23-р "О введении в действие методических рекомендаций "Нормы расхода топлив и смазочных материалов на автомобильном транспорте" (Распоряжение N АМ-23-р).

Если это собственность, используемая в личных целях, тогда при ее продаже предприниматель поступает как физическое лицо - уплачивает соответствующую сумму НДФЛ.

Доходы физических лиц от продажи имущества, находившегося в собственности не менее 3 лет, освобождены от уплаты НДФЛ.

И еще, в большинстве случаев предприниматели не включали в состав доходов сумму от продажи имущества, облагаемых при УСНО, и это мотивировали это тем, что продажа недвижимого имущества не заявлена в качестве основного или дополнительного вида деятельности предпринимателя  (Постановление ФАС ВВО от 14.03.2011 N А82-8657/2010).

Но в последнее время Суды в случаях, когда объекты недвижимого имущества не ИМЕЮТ ПРИЗНАКОВ ИМУЩЕСТВА ДЛЯ ЛИЧНОГО И СЕМЕЙНОГО ПОТРЕБЛЕНИЯ, не соглашаются с данной позицией, и признают выручку от продажи подлежащей обложению единым налогом, уплачиваемым в связи с применением УСНО.

Если осуществляется облагаемая ЕНВД деятельность на территориях нескольких городских округов или муниципальных районов, на нескольких внутригородских территориях городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга, которые обслуживаются разными налоговыми инспекциями, то не нужно вставать на учет в каждой из этих инспекций. Достаточно это сделать в одной из них.

На учет поставят в налоговом органе по тому месту осуществления деятельности, которое указано первым в заявлении о постановке на учет (п. 2 ст. 346.28 НК РФ, Письма от 12.10.2010 N 03-11-11/264, от 12.10.2010 N 03-11-11/268).

Это распространяется на налогоплательщиков, которые осуществляли облагаемую ЕНВД деятельность в разных районах одного городского округа или муниципального района, обслуживаемых разными налоговыми инспекциями (Письмо Минфина России от 06.02.2008 N 03-11-05/23).

Сумма земельного налога определяется как произведение налоговой базы, рассчитанной для соответствующей площади земельного участка, и налоговой ставки, установленной на территории муниципального образования, где расположена данная площадь земельного участка.

Сумма земельного налога, подлежащая уплате в бюджет по итогам года, определяется налогоплательщиками, являющимися организациями или индивидуальными предпринимателями, как разница между суммой налога, исчисленной по правилам п. 1 ст. 396 НК РФ, и суммами авансовых платежей, подлежащих уплате в течение этого года (п. 5 ст. 396 НК РФ).

В случае возникновения (прекращения) у налогоплательщика в течение налогового (отчетного) периода права собственности (постоянного (бессрочного) пользования, пожизненного наследуемого владения) на земельный участок (его долю) исчисление суммы налога (авансового платежа по нему) в отношении данного земельного участка производится с учетом коэффициента. Он определяется как отношение числа полных месяцев, в течение которых данный земельный участок находился в собственности (постоянном (бессрочном) пользовании, пожизненном наследуемом владении) налогоплательщика, к числу календарных месяцев в налоговом (отчетном) периоде (п. 7 ст. 396 НК РФ).

Если возникновение (прекращение) указанных прав произошло до 15-го числа соответствующего месяца включительно, за полный принимается месяц возникновения указанных прав.

Если право собственности (постоянного пользования, пожизненного наследуемого владения) возникло (прекращено) после 15-го числа соответствующего месяца, за полный принимается месяц возникновения (прекращения) указанных прав.

При заполнении декларации по земельному налогу необходимо заполнить 2 листа раздела 2, где указать налогооблагаемую базу и количество полных месяцев владения каждым земельным участком с разной кадастровой стоимостью в течение налогового периода.

Списание основных средств производится на основании решения, принятого специально созданной комиссией. Данное решение оформляется актом на списание объекта основных средств (п. п. 77, 78 Методических указаний). Акт может быть составлен организацией по собственной утвержденной в учетной политике форме либо используется унифицированная форма, утвержденная Постановлением Госкомстата России от 21.01.2003 N 7:

- форма N ОС-4 - для списания объекта основных средств (кроме автотранспортных средств);

- форма N ОС-4б - для списания групп объектов основных средств (кроме автотранспортных средств).

Оформленный акт передается в бухгалтерию организации, и на его основании в инвентарной карточке основного средства делается отметка о его выбытии (п. 80 Методических указаний).

Выбытие объекта основных средств осуществляется при списании полностью самортизированного, не использующегося в производстве, в противном случае основные средства продолжают учитываться на балансе организации.

Активы, полученные безвозмездно, считаются прочим доходом организации, принимаются к учету по рыночной стоимости и отражаются на счете 91 "Прочие доходы и расходы".

Согласно Плану счетов безвозмездно полученное имущество отражается по кредиту счета 98 "Доходы будущих периодов", субсчет 2 "Безвозмездные поступления", в корреспонденции со счетом, предназначенным для учета того или иного вида активов.

По мере использования безвозмездно полученного имущества его стоимость включается в расходы. Одновременно с этим ранее учтенные доходы будущих периодов признаются в составе прочих доходов текущего периода.

Полученное имущество не признается доходом для целей налогообложения, если в течение одного года со дня его получения (за исключением денежных средств) оно не передается третьим лицам. Если эти требования не выполняются, налогоплательщик обязан включить стоимость полученного имущества в состав внереализационных доходов (Письмо Минфина России от 24.03.2009 N 03-03-06/1/185).

Полученное безвозмездно имущество, стоимость которого была включена в состав внереализационных доходов, подлежит налоговому учету в составе амортизируемого имущества и по нему начисляется амортизация (Письмо Минфина России от 13.03.2009 N 03-03-06/1/136). Данное положение распространяется и на имущество, полученное от учредителей, стоимость которого не включается в состав внереализационных доходов (Письма Минфина России от 28.04.2009 N 03-03-06/1/283, от 15.05.2008 N 03-03-06/1/318).

В соответствии с пунктом 15 статьи 396 Кодекса в отношении земельных участков, приобретенных (предоставленных) в собственность физическими и юридическими лицами на условиях осуществления на них жилищного строительства, за исключением индивидуального жилищного строительства, осуществляемого физическими лицами, исчисление суммы налога (суммы авансовых платежей по налогу) производится налогоплательщиками - организациями или физическими лицами, являющимися индивидуальными предпринимателями, с учетом коэффициента 2 в течение трехлетнего срока строительства начиная с даты государственной регистрации прав на данные земельные участки вплоть до государственной регистрации прав на построенный объект недвижимости.

Таким образом, применять коэффициент 2 при строительстве до 3-х лет следует только при жилищном строительстве.

Организация, применяющая УСН, не признается плательщиком НДС (п. 2 ст. 346.11 НК РФ). Комиссионер, применяющий УСН, не выставляет комитенту счет-фактуру на сумму комиссионного вознаграждения. В отношении продукции, принадлежащей комитенту - плательщику НДС, комиссионер в течение пяти дней, считая с даты отгрузки продукции покупателю, выписывает на имя покупателя счет-фактуру на полную продажную стоимость продукции с выделением суммы НДС (Письма Минфина России от 05.05.2005 N 03-04-11/98, УФНС России по г. Москве от 07.06.2005 N 19-11/40881).

Факт выставления (перевыставления) счетов-фактур комиссионером, применяющим УСН, не свидетельствует о том, что он должен уплатить НДС в бюджет (Письма Минфина России N 03-07-09/11, от 28.04.2010 N 03-11-11/123, Постановление ФАС Дальневосточного округа от 25.07.2011 N Ф03-1545/2011, Ф03-3129/2011).

Установленный порядок оформления счетов-фактур не приводит к обязанности комиссионера уплачивать в бюджет НДС по товарам, реализуемым комитентом.

Таким образом, комиссионер вправе выделить НДС в отчёте с полной продажной стоимости, это не повлечёт уплату налога

Обособленным признается подразделение, которое территориально отделено (обособлено) от организации и по месту нахождения которого оборудованы стационарные рабочие места на срок более одного месяца (абз. 20 п. 2 ст. 11 НК РФ). При этом подразделение считается созданным, даже если это не отражено в учредительных или иных организационно-распорядительных документах организации (Письма Минфина России от 29.03.2010 N 03-04-06/53, УФНС России по г. Москве от 13.07.2009 N 20-15/3/071703@).

Если же по месту трудовой деятельности работников стационарные рабочие места не создаются, обособленного подразделения не возникает (Письмо Минфина России от 03.11.2009 N 03-02-07/1-493).

Если организация имеет обособленные подразделения, она должна уплачивать НДФЛ в том числе и по месту нахождения каждого из них (абз. 2 п. 7 ст. 226 НК РФ)

Головная организация обязана вести учет доходов, полученных от нее физическими лицами, отдельно по головной организации и по обособленному подразделению, а также уплачивать исчисленные и удержанные суммы налога как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения обособленных подразделений независимо от того, имеют подразделения отдельный баланс или нет. При этом головная организация обязана оформлять отдельные платежные поручения по каждому обособленному подразделению (независимо от того, имеет оно отдельный баланс или нет) с указанием присвоенного ему при постановке на налоговый учет КПП и соответствующего кода ОКАТО муниципального образования, в бюджет которого перечисляется НДФЛ (УФНС России по г. Москве от 20.05.2010 N 20-15/3/052927@)

Пунктом 2 ст. 230 Кодекса установлено, что налоговые агенты представляют сведения о доходах физических лиц в налоговый орган по месту своего учета.

Обязанность налоговых агентов представлять сведения о доходах физических лиц в налоговый орган по месту своего учета корреспондирует с обязанностью налоговых агентов уплачивать совокупную сумму налога, исчисленную и удержанную налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признается источником выплаты дохода, по месту учета налогового агента в налоговом органе.

Таким образом, сведения о доходах физических лиц - работников обособленного подразделения должны быть представлены в налоговый орган по месту нахождения такого обособленного подразделения (Письмо Минфина России от 07.08.2012 N 03-04-06/3-222).

Согласно ст. 57 Трудового кодекса Российской Федерации обязательным для включения в трудовой договор условием является, в частности, место работы, а в случае, когда работник принимается для работы в филиале, представительстве или ином обособленном структурном подразделении организации, расположенном в другой местности, - место работы с указанием обособленного структурного подразделения и его местонахождения.

Таким образом, организация должна платить НДФЛ и представлять туда отчётность по месту расположения подразделений.

В осенне-зимний период для расчета расхода топлива применяются поправочные коэффициенты.

Поправочный коэффициент  - это суммарная относительная надбавка или снижение к норме, %.

Значения поправочных коэффициентов (значения зимних надбавок к нормам расхода топлив по регионам России в зависимости от климатических районов) приведены в Приложении N 2 к Распоряжению Минтранса РФ №АМ-23-р от 14.03.08 г. Их учитывают в осенне-зимний период.

Технические требования к электронным контрольно-кассовым машинам (ККМ) для осуществления денежных расчетов с населением в сфере торговли нефтепродуктами и газовым топливом утверждены Решением ГМЭК (Протокол от 10.11.1994 N 14). Данным документом установлено, что при отпуске нефтепродуктов должен оформляться чек ККМ (п. п. 1.4, 1.5, 1.7, 2.1.3, 2.2.4 Технических требований).

Товарный чек содержит название операции и сведения о товаре (услуге), чек ККТ подтверждает факт оплаты.

Для признания расходов на ГСМ в целях налогообложения прибыли необходимо наличие чеков АЗС (документов, подтверждающих факт оплаты ГСМ).

Однако, согласно п. 1 ст. 252 НК РФ затраты могут быть подтверждены документами, оформленными в соответствии с законодательством РФ и (или) документами, косвенно подтверждающими произведенные расходы. В данном случае объем и стоимость израсходованного бензина могут подтверждаться путевым листом и нефискальным отчетом, а также объяснительной запиской водителя об утрате чека ККТ. Но данную позицию, скорее всего, придется доказывать в суде.